updf действительно хорош для этого. Воспользовавшись предварительным просмотром в MacOS, чтобы «подписать» документы, updf предлагает наиболее удобный пользовательский интерфейс.
Следующее работает на Ubuntu 14.10 и Debian 8.
Я не хотел добавлять сторонний ppa в мою систему, поэтому вместо этого установил обновление следующим образом:
$ bzr branch lp:updf
затем сделал редактирование в 2 строки, как указано в другом ответе.
Установить зависимости:
# apt-get install python-poppler gir1.2-gtk-3.0 gir1.2-gdkpixbuf-2.0 gir1.2-poppler-0.18 python-cairo librsvg2-2 gir1.2-rsvg-2.0 python-gi-cairo
(выше было достаточно; не каждая упаковка может быть необходимой, хотя).
и тогда программа python запускается на месте:
$ ./src/updf.py
К сожалению, качество выходного документа может сильно пострадать по сравнению с исходным документом. Правильный способ сделать это - наложить подпись, а не изменить оригинал в процессе без потерь. Принимая во внимание, что updf, по-видимому, участвует в перекодировании оригинала.