Отвечая на ваши вопросы, один за другим:
Почему бы вам не дефрагментировать систему Linux? Потому что он использует файловую систему ext2 / ext3 или потому что это Linux?
Поскольку в ext2 / 3/4 другой подход к файлам и папкам, они практически не фрагментированы. Другие уже ответили об этом, и вы можете прочитать более подробную информацию здесь
Это актуально, потому что у них есть система двойной загрузки (W7 / Ubuntu) и общий раздел (NTFS), к которым могут обращаться обе системы. Если я использую этот раздел с Linux, будет ли он фрагментирован?
Да, это может быть фрагментировано. Не имеет значения, получают ли к ним доступ Windows, Linux или что-то еще, это то, как каждая файловая система имеет дело с размером файла, как она хранит все эти блоки, оставляет ли она пустое пространство между каждым файлом ...
Другой проблемой являются контейнеры Truecrypt. Я также получаю к ним доступ через Linux и Windows, и они FAT32. Являются ли они фрагментированными операционной системой Linux?
Контейнеры Truecrypt - это файл для всех практических вопросов. Когда вы создаете контейнер с использованием TrueCrypt, вы создаете файл выбранного вами размера. Для вашей операционной системы это как любой другой файл. Если вы делаете его копии и т. Д., Возможно, копии могут быть сохранены фрагментированными.
Но, помните, никогда не стоит иметь несколько копий одного контейнера, это может помочь снизить его безопасность. Всегда делайте новый контейнер.
Когда вы сохраняете, удаляете, копируете, перемещаете и т. Д. Файлы внутри контейнера, операционные системы не знают об этом, это то же самое, что открывать, редактировать и сохранять любой другой файл без изменения его размера.
И если вы беспокоитесь о безопасности truecrypt в отношении фрагментации, поинтересуйтесь использованием truecrypt с твердотельными накопителями: поскольку SSD пытается контролировать износ всей памяти внутри него, вы можете получить тот же эффект, что и копирование контейнера.