OpenSSH является фактической стандартной реализацией протокола SSH. Если PuTTY и OpenSSH различаются, несовместимым является PuTTY.
Если вы сгенерируете ключ с помощью OpenSSH, используя параметры ssh-keygen
по умолчанию, он будет работать практически с каждым сервером. Сервер, который не принимает такой ключ, будет устаревшим, использующим другую реализацию SSH или настроенным странным ограничительным способом. На некоторых серверах ключи нестандартного типа могут не поддерживаться, в частности ключи ECDSA значительно ускоряют установление сеанса, но поддерживаются только последними версиями OpenSSH.
PuTTY использует другой формат файла ключа. Он поставляется с инструментами для преобразования между собственным .ppk
форматом и форматом OpenSSH.
Этот ssh-3.2.9.1, который вы нашли, является коммерческим продуктом, который имеет свой собственный формат закрытого ключа. Нет смысла использовать его вместо OpenSSH, он может быть только менее совместимым, требовать оплаты, и у нас практически нет учебника по его использованию.