В сети много документации и обсуждений.
Короткий ответ, что существуют глубокие идеологические различия между проектом GNU и проектами ядра Linux, что мешает возможному объединению.
В центре внимания FSF, организации, стоящей за проектом GNU, находится идеологическая чистота в отношении идеи свободного программного обеспечения. Это во многом основано на взглядах основателя FSF / GNU Ричарда Столлмана. Кроме того, как отметил Златовласка, ФФС в настоящее время в основном является политической организацией по защите интересов. В течение долгого времени FSF не вкладывал значительные средства в проект GNU, хотя они предоставляют инфраструктуру поддержки.
Проект ядра Linux имеет гораздо более прагматичную позицию в отношении свободы программного обеспечения, опять же в значительной степени вытекающую из его основателя Линуса Торвальдса. Проект ядра Linux - это, прежде всего, проект свободного программного обеспечения, состоящий из разработчиков программного обеспечения, специализирующихся на разработке ядра / ОС, и ни в коей мере не является политической организацией защиты.
В качестве конкретных примеров того, как эти идеологии разыгрываются на практике, рассмотрим
1) Что Столлман считает неприемлемым тот факт, что проект Debian «рекламирует» несвободное программное обеспечение, поддерживая несвободную часть своего программного архива. Это иронично, поскольку проект Debian сфокусирован на свободе программного обеспечения, которая очень похожа на FSF, но не настолько идеологически жесткая.
2) Что ядро Linux позволяет использовать (не бесплатные) двоичные модули ядра с ядром. Хотя разработчики ядра не испытывают энтузиазма по этому поводу, они терпят это, но трудно представить себе, что FSF делает это.
Стоит также отметить, что попытка Столлмана назвать операционные системы, основанные на ядре Linux, как GNU / Linux, вероятно, не улучшила отношения между FSF и сообществом ядра Linux, хотя у меня нет конкретных данных по этому поводу.
Помимо всего прочего, как упоминает златовласка, у FSF есть различные правила, которым должен соответствовать проект GNU. Это включает передачу авторских прав на весь код в ФФС. Все это само по себе может нарушить условия сделки, поскольку Линус Торвальдс никогда не требовал такой передачи авторских прав. Поэтому, если бы ядро Linux стало частью проекта GNU, все существенные вклады в ядро Linux должны были бы быть переданы их авторскому праву в FSF. Учитывая возраст и размер проекта, а также количество участников, это в принципе невозможно. Гораздо меньшие и младшие проекты (например, Mercurial) нашли лицензирование программного обеспечения сложной задачей.
Обратите внимание, что этот ответ никоим образом не предназначен для критики со стороны разработчиков FSF или ядра Linux. Обе стороны имеют свои собственные действительные точки зрения. Однако реальность ситуации такова, что они в какой-то степени несовместимы.