Ответы:
Они не одинаковы, нет. VirtualBox - это «виртуальная машина», которая означает, что она создает систему, в которой программное обеспечение внутри думает, что оно на реальном оборудовании; VirtualBox может работать под управлением Windows, MacOSX, Linux, SunOS (для x86) и т. Д. Это будет операционная система после запуска, а затем вам потребуется установить приложения, которые вы хотите запустить. С VirtualBox приложение Windows будет выглядеть как приложение Windows, а приложение MacOSX будет выглядеть как приложение MacOSX.
Wine - это эмулятор интерфейса MS-Windows. Он имитирует библиотеки окон, так что программа с графическим интерфейсом MS-Windows может отображаться в XWindows вместо WinXP / Vista / Win7. Это не среда, она может запускать только одну программу (но вы можете запустить несколько приложений Wine). Поскольку он имитирует стандартные библиотеки MS, не все программы Windows могут работать под ним, если им нужны дополнительные библиотеки или если они обходят стандартные библиотеки и пытаются получить доступ к библиотекам / интерфейсам более низкого уровня. С Wine он может не выглядеть как приложение для Windows после запуска.
VirtualBox занимает гораздо больше места (создание копии гостевой ОС), но он намного надежнее, чем приложения, использующие Wine (обычно это не вина Wine, а ошибка приложений). И если у вас есть приложение, которому нужны вспомогательные программы (например, Putty с использованием Pageant), оно не будет работать с Wine, но очень хорошо работает в VirtualBox.