То, что вы ищете, это форма копирования при записи , когда несколько файлов с одинаковым содержимым занимают одно и то же место на диске, пока один из них не будет изменен. Жесткие ссылки реализуют копирование при записи только в том случае, если приложение, которое выполняет запись, удаляет файл и создает новый файл с тем же именем (что обычно делается путем создания нового файла с другим именем, а затем перемещения его на место). Приложение, которое вы используете, очевидно, не делает этого: оно перезаписывает существующий файл.
Некоторые приложения могут быть настроены на использование стратегии замены. Некоторые приложения используют стратегию замены по умолчанию, но используют стратегию перезаписи, когда они видят файл с несколькими жесткими ссылками, точно так, чтобы не сломать жесткие ссылки. Ваша текущая техника снимков будет работать, если вы сможете настроить приложение для замены вместо перезаписи.
Fl-cow модифицирует программы для систематического использования стратегии замены для файлов с несколькими жесткими ссылками.
Кроме того, вы можете хранить свои файлы в файловой системе, которая выполняет копирование при записи или дедупликацию, или имеет функцию моментального снимка, и не беспокоиться о жестких ссылках: Btrfs или Zfs . В зависимости от вашей схемы разделения, использование снимков LVM может быть вариантом.
Я рекомендую использовать правильный инструмент для создания снимков. Создание надежных резервных копий на удивление сложно. Вы, вероятно, хотите rsnapshot .