Отредактируйте /etc/gdm/custom.confи добавьте или измените Excludeдирективу в [greeter]разделе:
[greeter]
Exclude=nobody,alice,bob
Пользователи aliceи bobне будут отображаться в списке на экране входа в систему, но могут войти в систему, введя их имя и пароль (если у них есть пароль).
Подробнее см. В разделе Как скрыть пользователей от экрана входа в систему GDM?
(в основном это не зависит от распределения - некоторые детали могут измениться, например, файлы могут находиться в разных местах, и порог для системных пользователей составляет 500 для большинства производных Red Hat, но 1000 для большинства производных Debian).