Нет особой причины для различия между командами GUI и CLI.
/usr/bin
принадлежит операционной системе, поэтому, даже если ничто не мешает вам, как root, сделать это, вы не должны ничего здесь размещать. Этот каталог предназначен для людей, распространяющих программное обеспечение, интегрированное в ОС, и для правильной обработки / предотвращения конфликтов имен.
/usr/local/bin
является общим каталогом для локально созданного программного обеспечения. Если вы можете написать здесь, вы можете просто использовать этот каталог.
/opt/<name>/bin
для программного обеспечения, не принадлежащего к ОС. Это хорошее место для общего программного обеспечения.
Ваш домашний каталог принадлежит вам, так что вы можете свободно размещать в нем все, что вам нравится, но это не лучшее место, если другие люди должны запускать вашу программу.