При сравнении файлов и обновлении репозитория исходного кода мне нравится использовать vimdiff. Чтобы скопировать изменения, сделанные из одного файла в другой, я обычно использую последовательность клавиш, например:
Shift + V (select line)
k or j; { or }; Up or down arrow keys (select more lines)
y (copy selected lines)
Ctrl + w, left/right arrow (move to other pane)
p (paste lines)
Vim, будучи мастером сочетаний клавиш, наверняка должен иметь более простой способ выполнения этой же задачи. Есть один? Что вы используете для ручного обновления изменений исходного кода?