Аналогичный вопрос был задан на Serverfault.com . Это был ответ.
Со hwclock
страницы руководства на RHEL 4.6:
This mode (we'll call it "11 minute mode") is off until something turns it on. The ntp
daemon xntpd is one thing that turns it on. You can turn it off by running
anything, including hwclock --hctosys, that sets the System Time the old fashioned way.
To see if it is on or off, use the command adjtimex --print and look at the value of
"status". If the "64" bit of this number (expressed in binary) equal to 0, 11 minute mode
is on. Otherwise, it is off.
Таким образом, благодаря тому, что вы бежите, hwclock --set
вы, вероятно, отключили его. По тому же признаку вы можете проверить вывод adjtimex --print
для подтверждения.