-xФлаг cpявляется расширением GNU. При копировании одного файла этот параметр не будет действовать, но при копировании всей файловой иерархии этот -xпараметр предотвращает копирование файлов и каталогов, которые не находятся в той же файловой системе, что и исходный источник.
Например, в файловой системе с точками монтирования /usrи /usr/local, использование cp -xR /usr /some-destне будет копировать иерархию в /usr/local.
Есть и другие утилиты с -xопцией с аналогичной семантикой, например, duи find(флаг называется -xdevдля find), и rsync.