Соедините два файла с соответствующими столбцами

11

fILE1.TXT

    id                            No
    gi|371443199|gb|JH556661.1| 7907290
    gi|371443198|gb|JH556662.1| 7573913
    gi|371443197|gb|JH556663.1| 7384412
    gi|371440577|gb|JH559283.1| 6931777

file2.txt

 id                              P       R       S
 gi|367088741|gb|AGAJ01056324.1| 5       5       0
 gi|371443198|gb|JH556662.1|     2       2       0
 gi|367090281|gb|AGAJ01054784.1| 4       4       0
 gi|371440577|gb|JH559283.1|     21      19      2

output.txt

 id                              P       R       S  NO
 gi|371443198|gb|JH556662.1|     2       2       0  7573913
 gi|371440577|gb|JH559283.1|     21      19      2  6931777

File1.txt имеет два столбца, а File2.txt имеет четыре столбца. Я хочу объединить оба файла с уникальным идентификатором (массив [1] должен совпадать в обоих файлах (file1.txt & file2.txt) и дать выходной только совпадающий идентификатор (см. Output.txt).

Я пытался join -v <(sort file1.txt) <(sort file2.txt). Запрашивается любая помощь с командами awk или join.

awk join

— Джек
источник

18

join работает отлично:

$ join <(sort File1.txt) <(sort File2.txt) | column -t | tac
 id                           No       P   R   S
 gi|371443198|gb|JH556662.1|  7573913  2   2   0
 gi|371440577|gb|JH559283.1|  6931777  21  19  2

пс. имеет значение порядок выходных столбцов?

если да, используйте:

$ join <(sort 1) <(sort 2) | tac | awk '{print $1,$3,$4,$5,$2}' | column -t
 id                           P   R   S  No
 gi|371443198|gb|JH556662.1|  2   2   0  7573913
 gi|371440577|gb|JH559283.1|  21  19  2  6931777

— порыв
источник

работает отлично. порядок столбцов не имеет значения

— Джек

В чем причина включения tac?

— Михаил Мрозек

Это потому, что sortпомещает строку заголовка в конец. На самом деле это грязное решение. И в общем случае заголовок может идти в середине вывода. Однако это работает здесь.

— Раш

10

Один из способов использования awk:

Содержание script.awk:

## Process first file of arguments. Save 'id' as key and 'No' as value
## of a hash.
FNR == NR {
    if ( FNR == 1 ) { 
        header = $2
        next
    }   
    hash[ $1 ] = $2
    next
}

## Process second file of arguments. Print header in first line and for
## the rest check if first field is found in the hash.
FNR < NR {
    if ( $1 in hash || FNR == 1 ) { 
        printf "%s %s\n", $0, ( FNR == 1 ? header : hash[ $1 ] ) 
    }   
}

Запустите это как:

awk -f script.awk File1.txt File2.txt | column -t

Со следующим результатом:

id                           P   R   S  NO
gi|371443198|gb|JH556662.1|  2   2   0  7573913
gi|371440577|gb|JH559283.1|  21  19  2  6931777

— Birei
источник

+65535 за сохранение исходного порядка строк. :-)

— zeekvfu

+65535 за сохранение исходного порядка строк. :-)

— zeekvfu