APT всегда будет устанавливать последнюю версию, которая не исключена настройками . Предпочтения указаны в файле /etc/apt/preferences(и в файлах ниже /etc/apt/preferences.d).
Некоторые репозитории имеют конфигурацию, которая предотвращает автоматическую установку их пакетов. Например, в бэкпортах Debian есть файлы релизов (которые вы можете увидеть /var/lib/apt/lists), которые содержат
NotAutomatic: yes
ButAutomaticUpgrades: yes
Если у вас есть несколько источников для одного и того же пакета (т. Е. Одно и то же имя пакета, один и тот же номер версии), то APT загружается из первого источника, найденного в /etc/apt/sources.list(или /etc/apt/sources.list.d/*; файлы ищутся в лексикографическом порядке, а источники ищутся по порядку внутри каждого файл). Поэтому сначала перечислите локальные зеркала. Порядок в не sources.listимеет значения для пакетов с другим номером версии.
sources.list.d(и его подкаталоги)?