Определите системные переменные среды в /etc/profile. Этот файл, например ~/.profile(или ~/.bash_profileесли ваша оболочка входа в систему bash), читается при входе в систему (в некоторых системах это исключает графический вход в систему) в самом начале сеанса.
Определите конфигурации системного bash в /etc/bash.bashrcили /etc/bashrc(путь зависит от дистрибутива, я не знаю, какой из них использует CentOS). Этот файл читается каждый раз, когда вы запускаете интерактивную оболочку. Если вы определите переменные среды там, они не будут доступны в программах, которые не запускаются из оболочки, но они переопределят переменные среды, установленные вызывающей стороной. Не определяйте переменные среды в /etc/bashrcили ~/.bashrc.
См. Есть ли ".bashrc" эквивалентный файл, прочитанный всеми оболочками? и посты, которые он цитирует.