Извлечение файлов .gz, содержащихся в папке

У меня есть папка, содержащая приблизительно 320116 файлов .pdb.gz. Я хочу распаковать их всех. Если я использую gunzip * .gz, это выдает ошибку, т.е. список аргументов слишком длинный. Папка составляет около 2 ГБ. Пожалуйста, дайте мне соответствующее предложение.

find . -name '*.pdb.gz' -exec gunzip {} +

-exec gunzip {} +предоставит gunzipмного, но не слишком много имен файлов в командной строке. Это более эффективно, чем -exec gunzip {} \;запуск нового gunzipпроцесса для каждого файла.

Всякий раз, когда вы получаете ошибки «список аргументов слишком длинный», вы можете обойти это, вызвав нужную команду несколько раз, каждый раз с подмножеством аргументов, которые вы хотите использовать. xargsэто инструмент, который поможет вам сделать это автоматически.

find . -type f -a -name \*.pdb.gz -print0 | xargs -0 gunzip

Я думаю, что это должно работать, он передает путь / имя каждого файла в gunzip для обработки:

find /my/dir -name "*.pdb.gz" -execdir gunzip "{}" \;

Попробуйте так:

find . -name '*.gz' -exec gunzip {} \;

Если у вас многоядерный компьютер, вы, вероятно, увидите, что его использование gunzipне позволит максимально использовать возможности вашего компьютера. Для этого вам нужно будет запустить несколько gunzips параллельно. Следить за тем, что сделано, в каком терминале вручную, является громоздким, но вы можете легко сделать это с помощью параллельной GNU:

find . -name "*.gz" | parallel -X gunzip {}

findНет необходимости использовать для этого, так как вы не упомянули подпапки. Что вам нужно сделать, это:

for f in *.gz;do gunzip $f;done