Возникшая проблема связана с установленным по умолчанию режимом ожидания → подключение к рабочему столу.
Nautilus, по крайней мере, на моем 12.04 Ubuntu (Classic Desktop), похоже, не имеет ничего, с чем вы можете связать (новые) команды с определенным типом файла (как некоторые рабочие столы / браузеры), и список вообще не отображается в режиме ожидания , даже если установлен через apt-get install idle:

Вы можете получить экран, щелкнув правой кнопкой мыши .pyфайл, Propertiesзатем выберите Open WithTAB, а затем нажмите Show other applications(при переходе по Open With меню вы получите тот же результат).
Вы должны исправить .dekstopфайл idle, отредактировав его
/usr/share/applications/idle-python2.7.desktopкак root (у вас может быть idle-python3.desktop, в зависимости от того, какую версию idle вы установили).
[Desktop Entry]
Name=IDLE (using Python-2.7)
Comment=Integrated Development Environment for Python (using Python-2.7)
Exec=/usr/bin/idle-python2.7 -n %f
Icon=/usr/share/pixmaps/python2.7.xpm
Terminal=false
Type=Application
Categories=Application;Development;
StartupNotify=true
Чего не хватает в установленном файле, так это %fв конце Exec=строки. Добавьте %fтуда и сохраните. Затем в nautilus щелкните правой кнопкой мыши .pyфайл и снова перейдите к Propertiesи Open WithTAB (вам не нужно перезапускать nautilus). Теперь прокрутите вниз и Idle (using Python-2.7)выберите вариант (либо как рекомендуемое приложение), либо сначала щелкните его в списке отображения других приложений:

Вы можете использовать, Set as defaultчтобы всегда открывать .pyфайлы с простоя.
idleвручную, как описано в ответе Габора? Вы также можете попробовать использовать полный путь (открыть терминал и запустить,type idleчтобы получить его).