Вызов Syscalls из Java

Есть ли способ вызывать системные вызовы непосредственно из Java или необходимо сначала вызвать нативный метод?

Вам нужно использовать собственный метод, но вам не нужно реализовывать его самостоятельно. У Java есть разновидность JNI, называемая JNA (Java Native Access) , которая позволяет напрямую обращаться к разделяемым библиотекам без необходимости оборачивать их интерфейсом JNI, поэтому вы можете использовать его для непосредственного взаимодействия с glibc:

import com.sun.jna.Library;
import com.sun.jna.Native;

public class Test {
    public interface CStdLib extends Library {
        int syscall(int number, Object... args);
    }

    public static void main(String[] args) {
        CStdLib c = (CStdLib)Native.loadLibrary("c", CStdLib.class);

        // WARNING: These syscall numbers are for x86 only
        System.out.println("PID: " + c.syscall(20));
        System.out.println("UID: " + c.syscall(24));
        System.out.println("GID: " + c.syscall(47));
        c.syscall(39, "/tmp/create-new-directory-here");
    }
}

Необходимо использовать нативный метод или библиотеку, которая делает это за вас.