Какая часть вашего сайта чувствительна?
Если это просто данные в файлах, то следует перезаписать файл данными из встроенного инструмента /dev/zeroили /dev/randomиспользовать его, например, это ddдолжно сработать, если файловая система не выделяет новое хранилище при перезаписи файла.
Если сама структура каталогов чувствительна (например, имена файлов), вам понадобится более тщательное решение. Я в растерянности, но вам, вероятно, придется (после перезаписи) удалить все файлы в каждом каталоге, а затем создать группу файлов в одном каталоге, используя touchи удаляя их перед удалением родительского каталога, используя алгоритм первой глубины. Я знаю, что что-то можно сделать с помощью findи тому подобное, но я не знаю готового инструмента, который бы это делал.
В вашем случае уничтожение файлов (многократная перезапись файла случайными данными) является излишним, потому что никто не собирается пытаться восстановить ваши данные, разбирая физический диск и пытаясь собрать данные с самых последних треков. Я не уверен, что техника восстановления даже больше работает с современными приводами высокой плотности; перезапись данных нулями может быть более чем достаточной.