Алгоритм такой же. Современные наборы теней используют подключаемые модули аутентификации (PAM), а PAM позволяет настроить один алгоритм хеширования. Все дело в «засолке», что означает случайный выбор пароля, чтобы получить тот эффект, о котором вы спрашиваете.
Соль - противодействие атакам по словарю, когда злоумышленник со словарем известных пар «пароль / хэш» пытается выяснить, соответствует ли данное значение хеша для неизвестного пароля значению хеша для одного из известных паролей.
Salting предотвращает это, поскольку другое значение соли приводит к другому значению хеша, поэтому не имеет значения, что пароль одинаков. (Тем не менее, это плохая практика, но по другим причинам.) Чтобы атака по словарю была успешной, злоумышленник должен иметь словари для всех возможных значений соли. По-настоящему случайная соль достаточного размера сделает вероятность успеха такой атаки незначительной.
Рекомендуемое чтение: Как пароли хранятся в Linux (Понимание хэширования с помощью утилит shadow)