Я пытаюсь установить пакет python rpy2с установкой pip в Ubuntu 16.04:
pip install rpy2==2.2.7но получите сообщение об ошибке (см. полный вывод ниже):
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/То же самое происходит с другими пакетами, например pip install unroll, или используя pip2. Я думал, что этот пост - та же проблема, но там она решается с помощью sudo.
Решения пробовали
Я попытался решения в этой должности , как: pip install --upgrade setuptools, (sudo) easy_install -U setuptoolsили sudo apt-get install python-setuptools, но безрезультатно.
информация о питоне / пипс
Кто-то предположил, что у меня может быть странная установка python / pip, вот несколько примеров:
sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f
/usr/bin/python2.7
/usr/local/bin/pip
/usr/local/bin/pip2
sudo python --version
Python 2.7.12
sudo pip --version
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)
/usr/bin/pip2 --version
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)
ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov 8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pipПолный вывод ошибок
pip install rpy2 == 2.2.7
Сбор rpy2 == 2.2.7 Использование кэшированного rpy2-2.2.7.tar.gz
Завершите вывод команды python setup.py egg_info:
работает egg_info
создание pip-egg-info / rpy2.egg-info
написание pip-egg-info / rpy2.egg-info / PKG-INFO
запись имен верхнего уровня в pip-egg-info / rpy2.egg-info / top_level.txt
запись зависимых_связей в pip-egg-info / rpy2.egg-info / dependency_links.txt
запись файла манифеста 'pip-egg-info / rpy2.egg-info / SOURCES.txt'
Traceback (последний вызов был последним):
Файл "", строка 1, в
Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", строка 462, в
[os.path.join ('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])],
Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py", строка 151, в настройке
dist.run_commands ()
Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", строка 953, в run_commands
self.run_command (CMD)
Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", строка 972, в run_command
cmd_obj.run ()
Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
линия 280, в прогоне
self.find_sources ()
Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
строка 295, в find_sources
mm.run ()
Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
линия 526, в прогоне
self.add_defaults ()
Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
строка 562, в add_defaults
sdist.add_defaults (Я)
Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
строка 36, в add_defaults
self._add_defaults_ext ()
Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
строка 119, в _add_defaults_ext
build_ext = self.get_finalized_command ('build_ext')
Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", строка 312, в get_finalized_command
cmd_obj.ensure_finalized ()
Файл "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", строка 109, в sure_finalized
self.finalize_options ()
Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", строка 155, в finalize_options
config + = get_rconfig (r_home, о)
Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", строка 319, в get_rconfig
rc = RConfig.from_string (rconfig, allow_empty = allow_empty)
Файл "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", строка 279, в from_string
+ '\ nin string \ n' + string)
ValueError: Неверная подстрока
-fopenmp
в строке
-Wl, - export-dynamic -fopenmp -Wl, -Bsymbolic-functions -Wl, -z, relro -L / usr / lib / R / lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm
Сбой команды "python setup.py egg_info" с кодом ошибки 1 в / tmp / pip-build-EkrbmM / rpy2 /
pip install развернуть
Сбор unroll Использование кэшированного unroll-0.1.0.tar.gz
Завершите вывод команды python setup.py egg_info:
Загрузка http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.14.tar.gz
Traceback (последний вызов был последним):
Файл "", строка 1, в
Файл "/tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py", строка 2, в
ez_setup.use_setuptools ()
Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", строка 145, в use_setuptools
return _do_download (версия, база загрузки, to_dir, задержка загрузки)
Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", строка 124, в _do_download
to_dir, download_delay)
Файл "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", строка 193, в download_setuptools
src = urlopen (url)
Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 154, в урлопене
возврат opener.open (URL, данные, время ожидания)
Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 435, в открытом виде
ответ = мет (запрос, ответ)
Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 548, в http_response
«http», запрос, ответ, код, сообщение, hdrs)
Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 473, по ошибке
вернуть self._call_chain (* аргументы)
Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 407, в _call_chain
результат = func (* аргументы)
Файл "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", строка 556, в http_error_default
поднять HTTPError (req.get_full_url (), код, msg, hdrs, fp)
urllib2.HTTPError: Ошибка HTTP 403: требуется SSL
Сбой команды "python setup.py egg_info" с кодом ошибки 1 в tmp / pip-
наращивание QimGjp / развертываться /
R уже установлен?
—
Lapisdecor
Попробуйте запустить его с
—
Джордж Удосен
-Hфлагом, какsudo -H
Извините, но это слишком грязно для меня, чтобы чувствовать, что помогаю кому-то распутать это в данный момент. Даже с наградой. Спасибо за ваши напоминания, хотя.
—
Дэвид Фёрстер
Спасибо @George, но, к сожалению, даже с
—
Matifou
sudo -Hэтим он не работает :-(