Ответы:
Чтобы зашифровать zip-файл после его создания, вы можете использовать zipcloak
Синтаксис:
zipcloak foo.zip
Вам будет предложено ввести пароль для zip-файла с именем foo.zip
Вы можете заархивировать файл (ы) при создании zip файла, используя -e
параметр т.е.
zip -e foo.zip file1