Ответы:
Такое поведение Unity (ведь это беспорядок) можно изменить из командной строки, открыть терминал и набрать:
dconf write /org/compiz/profiles/unity/plugins/core/focus-prevention-level 0
Чтобы восстановить значение по умолчанию:
dconf write /org/compiz/profiles/unity/plugins/core/focus-prevention-level 1