Запуск инструментов GUI, например, nautilusкак rootсчитается, считается вредным по этой причине, среди прочего (скрытые функции, возможность молча запускать фрагменты программы, кто знает где, ...).
У вас нет проблемы с «разрешением», у вас есть проблема с «правом собственности».
Чтобы найти все файлы, принадлежащие root(действительно принадлежащие кому-либо еще), выполните:
sudo find $HOME \! -user $USER
Чтобы вернуть право собственности на вас, вы можете
sudo chown -R $(id -u):$(id -g) $HOME
но это изменит владельца всех файлов в и под $HOME
sudo find $HOME \! -user $USER >/tmp/list-of-files
# edit the list of files, and delete file files you don't want to chown
nano /tmp/list-of-files
xargs sudo chown $(id -u):$(id -g) </tmp/list-of-files
Предоставляет возможность настроить список файлов, принадлежащих не-вам, чье право собственности будет изменено на вас.
findwithsudo(sudo find ...), чтобы проверить собственныеrootподкаталоги с0700защитой и всем, что находится под ними. То же самое для ремонта.