Система работает из памяти?
Вы можете заглянуть, /var/log/syslogчтобы увидеть, есть ли у вас какие-либо OOM(нехватка памяти) сообщения в течение рабочего дня /etc/cron.daily/apt.
/etc/cron.daily/apt выполняется в 06:25, но в сценарии apt есть случайный сон, так что это может произойти до 1800 секунд
Команда free -mтакже сможет сказать вам, сколько у вас свободной памяти, и vmstat 5сможет показать вам, если у вас много перестановок или происходит движение памяти.
Если это так, вы можете посмотреть, как добавить больше подкачки , добавить больше памяти или узнать, есть ли у вас запущенные ненужные процессы, которые занимают всю вашу память. (Перезагрузка в случае утечки памяти)
Запустить apt вручную?
Вы пытались запустить /etc/cron.daily/aptвручную, чтобы увидеть, если вы можете больше предупреждений / ошибок?
Если вы используете Ubuntu 14.04 LTS, вы найдете вызов для random_sleepподпрограммы line 425. Добавьте в #эту строку, чтобы он не спал перед запуском.
На Ubuntu 12.04 LTS это так line 423. Ubuntu 16.04 LTS не должен иметь этот файл, насколько я вижу.
Запустите /etc/cron.daily/aptкак root, как это:
root@hostname:~# /etc/cron.daily/apt
Или с sudoтаким:
username@hostname:~$ sudo /etc/cron.daily/apt
Там могут быть некоторые интересные ошибки, чтобы указать вам правильное направление, или попробуйте поискать в /var/log/syslogфайле что-нибудь подозрительное.