Некоторые пункты geditменю можно увидеть только после indicator-appmenuустановки. Попробуй это:
sudo apt-get install indicator-appmenu
Выйдите из системы и войдите снова. Посмотрите, geditотображается ли меню приложения в верхней части экрана (не в верхней части окна приложения). Если это произойдет, вы сможете найти Preferencesвариант там.
Если вам не нравится, когда меню появляется в верхней части экрана (например, I), вы можете удалить его позже.
sudo apt-get remove indicator-appmenu
Не забудьте выйти и войти снова.