По большей части они одинаковы. Спящий режим не поддерживается. Ваши узкие места в производительности могут отличаться, так как файловая система сжата (с быстрым процессором и медленным диском ваша производительность может фактически быть немного лучше). Вы окажетесь во власти фрагментации базовой системы NTFS, поэтому перед установкой обязательно тщательно дефрагментируйте (Ultradefrag (доступен на sourceforge) выполняет гораздо более тщательную работу, чем встроенная в Windows).
Единственное замечание, которое я заметил во всех версиях, которые я использовал, это то, что сбои питания во время установки Ubuntu довольно часто приводят к тому, что Ubuntu не загружается. Исправить это, пока возможно, что-то вроде боли. Таким образом, если цель использования wubi состоит в том, чтобы протестировать и посмотреть, можете ли вы использовать Ubuntu для своих целей, а на компьютере, на котором вы используете его, есть два или более процессорных ядра, я обычно рекомендую VirtualBox, как более надежный и более надежный. полезно для тестирования, так как вы можете переключаться назад и вперед вместо перезагрузки.