Это не характерно для синаптических либо. Я вижу дубликаты пакетов в списке с aptitude (я только что попытался это сделать с помощью табуляции автозаполнения!), Но не с [новым] мюоном в Kubuntu 11.10 (oneiric), который, кажется, скрывает это. Я предполагаю, что они все используют apt за кулисами или какую-то библиотеку, которая составляет список пакетов.
Мое обновление не прошло хорошо, это вызвало у меня проблемы; кажется, что aptitude не настроен для этого.
Я смог это исправить так:
sudo nano /etc/dpkg/dpkg.cfg.d/multiarch
Использование #, чтобы закомментировать единственную строку, заставляющую его читать #foreign-architecture i386
.
Теперь aptitude видит только пакеты с нативной архитектурой.
Опять же, это не конкретный ответ, но он решает проблему, которую вы представляете IMO.