Новости только немного лучше, чем на Windows. Если вы запускаете исполняемый файл, он может делать все, что может исполняемый файл, вплоть до получения любых данных из вашей домашней папки.
Хорошей новостью является то, что большинство вирусов Windows (пока) написаны не так, чтобы хорошо работать на Wine. В некоторых случаях вы можете удалить папку Wine, в противном случае это не повлияет.
Плохая новость заключается в том, что исполняемый файл Wine - это исполняемый файл в полном смысле Linux - ничто не мешает ему делать что-либо, что может сделать вредоносный скрипт, в том числе экранирование папки .wine.
У Wine есть вики-страница по защите Wine здесь: http://wiki.winehq.org/SecuringWine - частичные меры, которые вы можете предпринять, включая такие вещи, как сканирование файла с помощью ClamAV перед его запуском.