Чтобы ответить на ваш первый вопрос, жесткий диск просто будет более активным из-за гораздо более частых операций ввода-вывода с диска из Windows. Я не совсем уверен, в чем причина увеличения активности диска, но считаю, что требования к памяти в Windows 7 намного выше, чем в Ubuntu. Поэтому Windows будет чаще использовать файл подкачки, что приведет к увеличению активности диска.
Второй причиной могут быть многочисленные «сканы», которые запускает Windows. Это включает в себя индексатор файлов (если вы его не отключили), сканирование на наличие шпионских программ и вирусов и т. Д. Они иногда запускаются без каких-либо подсказок и действительно могут создать некоторую нагрузку на диск.
Третьей причиной может быть просто сама файловая система - Windows по умолчанию использует файловую систему NTFS, а Ubuntu по умолчанию использует Ext4. Мой собственный опыт показал, что Ext4 намного быстрее в массовых файловых операциях, чем NTFS. (Ничего официального, но, конечно, воспроизводимого.)