Короче говоря, да, они безопасны, потому что криптография с открытым ключом используется для подписи файлов.
Все файлы, загруженные APT, имеют подпись, которая позволяет проверять загруженный файл по открытым ключам, хранящимся на вашем компьютере, как подписанным Ubuntu и только Ubuntu. Это подтверждает, что полученный вами файл был авторизован Ubuntu на каком-то этапе и с тех пор не изменялся и не изменялся.
Техническое объяснение того, как это работает, доступно в Ubuntu (и в Debian который использует ту же систему).
Из-за использования HTTP вместо HTTPS, да, злоумышленники могли видеть, какие файлы вы загружаете, но в этом случае вам вряд ли стоит беспокоиться о конфиденциальности. Попытка «человека посередине» изменить пакеты, чтобы внедрить вредоносный код, все равно потерпит неудачу, поскольку нарушит механизм подписи.
Один из возможных недостатков этого механизма подписания заключается в том, что он не гарантирует, что вы получаете самую последнюю версию пакета (действительно, иногда зеркала обновляются медленно). Чтобы помочь решить эту проблему, подписанный файл выпуска содержит дату «Действителен до», после которой все файлы, на которые он ссылается, должны считаться устаревшими. Человек в середине мог бы иметь возможность заменить архив неизмененной более ранней версией архива в течение этой даты, действительной до тех пор, пока ваш APT не поверит в отсутствие обновлений. Но они не могут вносить какие-либо произвольные изменения в пакеты и не могут вернуться назад во времени после определенного момента.
Механизмы подписи обеспечивают гораздо лучшую безопасность, чем HTTPS, в распределенной среде такого типа, где файлы отражаются на многих серверах, не контролируемых Ubuntu. По сути, вам нужно доверять только Ubuntu, а не зеркалу, поэтому вам нужно доказать, что файлы изначально были из Ubuntu и с тех пор не были изменены - нет необходимости проверять подлинность зеркала.
Обратите внимание, что когда вы добавляете неофициальный репозиторий в ваш список источников, такой как PPA, вы будете получать файлы, которые не подписаны Ubuntu. APT должен предупредить вас об этом, потому что они не были подписаны сертификатом, соответствующим какому-либо из открытых ключей, установленных на вашем компьютере в соответствии с разрешением Ubuntu.