Ответы:
Со apt-get
страницы руководства :
clean : clean очищает локальный репозиторий полученных файлов пакетов. Он удаляет все, кроме файла блокировки, из / var / cache / apt / archives / и / var / cache / apt / archives / частичный /. Когда в качестве метода dselect (1) используется APT, очистка запускается автоматически. Те, кто не использует dselect, вероятно, захотят время от времени запускать apt-get clean, чтобы освободить дисковое пространство.
autoclean : как clean, autoclean очищает локальный репозиторий полученных файлов пакетов. Разница в том, что он удаляет только те файлы пакетов, которые больше не могут быть загружены и в основном бесполезны. Это позволяет поддерживать кэш-память в течение длительного периода без выхода из-под контроля. Параметр конфигурации APT :: Clean-Installed предотвратит удаление установленных пакетов, если он отключен.
autoremove : используется для удаления пакетов, которые были автоматически установлены для удовлетворения зависимостей для некоторых пакетов и которые больше не нужны.
Каждая команда имеет страницу руководства, если вы хотите знать, каковы их параметры или что делает каждая из них, просто введите в оболочке man <command>
Ex.man apt-get
autoclean: удаляет все сохраненные архивы в вашем кэше для пакетов, которые больше не могут быть загружены (таким образом, пакеты, которые больше не находятся в репо или имеют более новую версию в репо).
очистить: удаляет все сохраненные архивы в вашем кэше.
autoremove: совершенно другая вещь, эта опция позволяет apt искать пакеты, которые установлены как зависимость от уже удаленного пакета, и удаляет их. Это используется для очистки неиспользуемых зависимостей, которые остаются в вашей системе.
Найден ответ: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=394952