Вы также можете использовать PuTTY в Ubuntu
sudo apt-get install putty
Однако эквивалентно Putty в Linux - использовать ssh в командной строке
ssh -i ~/.ssh/key user@server
Вам нужно будет конвертировать ваш ключ-замазку (используя PuTTYgen) в ключ openssh или создать новый ключ.
Чтобы преобразовать ключ, сначала импортируйте его, а затем экспортируйте как ключ openssh.
Смотрите: https://help.ubuntu.com/community/SSH/OpenSSH/ConnectingTo.
Вы можете использовать любое количество программ для подключения, аналогичных WinSCP, nautilus сделает это
Вход по SSH на основе ключа с помощью Nautilus "Connect to Server"
Вы также можете использовать GFTP