Приведенный выше ответ работает для меня на 12.04LTS Unity 3D. Интересно, вы используете Unity 2D? В этом случае вы не сможете изменить настройки с помощью CCSM.
В любом случае смотрите здесь несколько альтернативных исправлений (вопрос к 11.10, но многие из них все еще работают в 12.04):
Как отключить сочетания клавиш F1 и F10 в терминале gnome?
Если CCSM не работает для вас, вы можете попробовать исправить gconf-editor (или dconf)
Комментарий: действительно очень плохо, что эту конкретную привязку клавиш нельзя изменить просто через интерфейс настроек системы, как это может сделать большинство других. Я не слышал, что это было изменено в 12.10, но я надеюсь, что это произойдет в будущем. Слишком много программ используют Alt-keybindings для ОС, чтобы их было так сложно изменить. (И я почти уверен, что Emacs спроектировал эту клавиатуру первым, Ubuntu.)