Во-первых, вы не сможете просто скопировать файлы в каталоге .gconf, пока ваш пользователь вошел в систему, так как запущенный экземпляр будет иметь приоритет, а изменение файлов из-под процесса не будет иметь никакого эффекта.
А Shotwell использует dconf для хранения своих настроек сейчас, поэтому вам, вероятно, придется экспортировать их из одной установки, а затем импортировать их в новую установку. Я не знаю, есть ли у Shotwell какая-либо функция экспорта / импорта для резервного копирования и восстановления настроек, но некоторые приложения имеют.
Чтобы экспортировать / импортировать из / в gconf во время его работы, вы можете использовать gconftool
утилиту командной строки с ее параметрами --dump и --load. К сожалению, похоже, gsettings
команда не имеет аналогичных параметров.