1) Да, загруженные пакеты хранятся в /var/cache/apt/archives/. Вы можете удалить их, запустив sudo apt-get clean.
От man apt-get:
чистый
очищает локальный репозиторий извлеченных файлов пакетов. Он удаляет все, кроме файла блокировки, из / var / cache / apt / archives / и / var / cache / apt / archives / частичный /. Когда в качестве метода dselect (1) используется APT, очистка запускается автоматически. Те, кто не использует dselect, скорее всего, захотят время от времени запускать apt-get clean, чтобы освободить место на диске.
2) Пакеты обновляются со временем. Когда вы получаете уведомление о новых обновлениях, пакеты еще не были загружены (или вы должны были настроить другое, и пакеты загружаются, но не устанавливаются).
Если вы обновите информацию о своих пакетах, запустив sudo apt-get updateили нажав Refreshв менеджере пакетов, последние версии пакетов станут известны менеджеру пакетов. При продолжении обновления, запустив sudo apt-get upgradeили нажав Applyна Synaptic, будет использоваться последняя версия пакета. Если этот файл был ранее загружен, он будет использован. Если этот файл устарел, будет восстановлен новый.
Если вы посмотрите в свой каталог кеша /var/cache/apt/archives, вы заметите, что пакеты идентифицируются по имени и версии. Например, у меня есть три разных файла (версии) chromium-browserв этом каталоге:
chromium-browser_11.0.696.57~r82915-0ubuntu0.11.04.1_amd64.deb
chromium-browser_11.0.696.65~r84435-0ubuntu0.11.04.1_amd64.deb
chromium-browser_11.0.696.68~r84545-0ubuntu0.11.04.1_amd64.deb
Целью этого кэша является ускорение переустановки приложений при необходимости. Вы можете сравнить его с кешем вашего интернет-браузера, изображения загружаются только в первый раз. В будущем браузер проверяет на сервере, обновлено ли изображение. Если это так, будет использован кэшированный. В противном случае загружается новый, что делает старый бесполезным.