Это можно решить, изменив цвет фона в Ubuntu. Я попытался изменить цвет фона в Eclipse, но, похоже, он не работает. Чтобы изменить цвет фона в Ubuntu, перейдите в
Система> Настройки> Внешний вид
Появится панель «Настройки внешнего вида», нажмите «Настроить…».
Появляется «Настройка темы», перейдите в «Цвета» и выберите более светлый цвет для фона «Подсказки», более темный цвет для текста «Подсказки».
Запустите или перезапустите Eclipse, вы увидите более светлые цвета, которые вы выбрали при появлении подсказки по коду.
Это решение скопировано с: http://tipstank.com/2010/05/23/solve-eclipse-black-pop-up-code-assist-box-in-ubuntu-10-4-lucid/