У меня скайп версия 4 установлена как одна из моих программ запуска. Когда скайп запускается, он появляется в полноэкранном режиме. Я бы предпочел, чтобы он начинался как просто значок в системном трее.
В настройках - Общие установите флажок «Запустить Skype свернутым в системный трей». Это должно заставить его открыться в свернутом виде. (По крайней мере, в гноме 3)