Я думаю, это во многом зависит от того, как вы загрузили.
Если вы говорите об обновлении apt-get, обновите последовательность, поскольку в качестве пользователя root вы объединяете свои команды, используя && (последовательность продолжается, только если ошибок не было)
sudo su -
apt-get update && apt-get upgrade && shutdown -h now
Если вы говорите о загрузке (например, с помощью wget) [снова, объедините команды вместе, используя обозначение &&, гарантируя, что команды будут выполняться по порядку, только если предыдущая команда была успешной]
sudo su -
wget -t0 -c http://somedownloadsite/path/file.foo && shutdown -h now
Если ваша загрузка была выполнена графическим клиентом (графическим интерфейсом), то это будет зависеть от механизмов этого клиента для выполнения сценариев после успешной загрузки.