Проблема с секвенсором ДНК

11

Недавно я получил секвенатор генома USB-ДНК MinION, который, к моему разочарованию, похоже, не работает в Ubuntu должным образом.

Я использую 12.04 релиз Ubuntu. Секвенсор правильно обнаружен прилагаемым скриптом / драйвером, но, похоже, не может обнаружить образец.

Я прилагаю скриншот процесса. Любая помощь будет принята с благодарностью!

введите описание изображения здесь

drivers usb

— Ричард Родригес
источник

1

Попробуйте запустить программу сбора сценариев / образцов в качестве пользователя root сgksu

— nanofarad

Выдает ли устройство какие-нибудь полезные сообщения в / var / log / syslog или что-то в этом роде?

— Кристиан

2

Если скрипт правильно обнаружил устройство, то, скорее всего, ваша проблема связана с геном-секвенсором, а не с Ubuntu. Существуют ли какие-либо другие утилиты, которые позволят вам общаться с вашим секвенсором для каких-либо других функций, например, процедуры калибровки? Если бы Ubuntu могла общаться с машиной и заставлять ее делать другие вещи, я ожидала бы, что проблема заключается в секвенсоре генов, а не в компьютере. Другой возможный тест - попытаться использовать другую операционную систему, если доступно программное обеспечение. Наконец, убедитесь, что у вас секвенсор установлена последняя версия прошивки, и что программное обеспечение, которое вы используете для подключения, обновлено.

— Danbsmith
источник

Есть еще одна вещь, о которой я расскажу: запуск ее из оболочки может не дать максимальную отдачу от приоритета. Это оксфордский секвенсор для нанопор, который требует полной аутентификации, прежде чем его можно будет разрешить в их сетке. У него недостаточно информации для запуска и доступа к образцу - это то, что я думаю.

— all4naija

Это автономный секвенатор ДНК. Его интерфейс, скорее всего, является обычным адаптером последовательного порта USB, с которым говорит предоставленный скрипт, - который, кажется, работает правильно. Я согласен с тем, что проблема, скорее всего, связана с конечной последовательностью, а не с интерфейсом компьютера. GridION не является платформой «облачных вычислений», это параллельный массив секвенсоров генов для больших задач.

— Адриан

Для получения дополнительной информации: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/...

— all4naija

1

Дикое предположение: это может быть проблема с разрешениями? Некоторые устройства работают нормально для некоторых операций при запуске от имени обычного пользователя, но требуют rootпривилегий для выполнения других операций. Таким образом, вы можете попробовать sudo ./gseqи посмотреть, поможет ли это. Если это помогает, но вы не хотите запускать rootвсе время, вы можете отследить файлы и изменить их разрешения, чтобы получить доступ к устройству с помощью обычной учетной записи. Вероятно, это будет связано с созданием правил udev. Я не буду вдаваться в подробности здесь, так как это решение слишком длинное.

— Род Смит
источник

0

Возможно ли превышение 6-часового срока службы устройства? Вероятно, это скорее ошибка устройства или проблема процесса. Техническая поддержка MinION должна быть вашим основным контактом для решения этой проблемы, поскольку кажется, что программа обменивается данными с устройством.

Крис

— fabricator4
источник