Протестировано под Nautilus 3.4.2 на Ubuntu 12.04 / 12.10 (но работает практически во всех сценариях)
Открыть gnome-terminal( Ctrl+ Alt+ T).
Тип ls /.
Скопируйте имена папок, которые вы хотите скрыть.
Нажмите Alt+ F2, затем введите gedit.
Вставьте все имена, которые вы хотите скрыть, так:

Изображение взято из « Другой способ скрыть папки с файлами в Ubuntu» от Meilin
Сохраните файл ( Ctrl+ S) в каталоге /с именем .hidden(без звездочки, как показано на рисунке выше).
Обновите страницу, и они ушли.

Изображение из Как скрыть файлы и папки - EuroBytes
Если вы хотите, чтобы они были скрыты позже ...
Чтобы отобразить папки, вы можете:
- удалить там имена из
.hiddenфайла, или
- просто нажмите Ctrl+, Hчтобы просмотреть все скрытые файлы и папки.
Ссылка: