Файлы в каталоге /usr/local/не находятся под контролем системы управления пакетами Debian. Поэтому рекомендуется размещать исходный код вашей программы в /usr/local/src/. Например, вы можете извлечь файлы для пакета с именем "foo.tar" в каталог /usr/local/src/foo. После того, как вы скомпилируете их, поместите двоичные файлы /usr/local/bin/, библиотеки /usr/local/lib/и файлы конфигурации в /usr/local/etc/.
Если ваши программы и / или файлы действительно должны быть размещены в каком-либо другом каталоге, вы все равно можете хранить их в них /usr/local/и создавать соответствующие символические ссылки из требуемого местоположения в его местоположение /usr/local/, например, вы можете сделать ссылку
ln -s /usr/local/bin/foo /usr/bin/foo
В любом случае, если вы получаете пакет, авторское право которого позволяет распространять его, вам следует рассмотреть возможность создания пакета Debian и загрузки его для системы Debian. Инструкции для того, чтобы стать разработчиком пакета, включены в руководство по политике Debian.
Взято с: http://www.debian.org/doc/FAQ/ch-compat.en.html