В настоящее время невозможно изменить местоположение уведомлений. По дизайну они должны появляться в правом верхнем углу вашего основного экрана, но из-за этой ошибки:
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/notify-osd/+bug/331369
они всегда будут отображаться на самом правом мониторе.
Раньше был патч для notify-osd Романа (Леолика) Сукошева, который позволял пользователю изменять поведение уведомления, но он еще не был перенесен на 12.04.
Прямо сейчас вы можете только ждать исправления ошибки или новой версии патча Leolik, или вы можете установить монитор ноутбука на правой стороне.
ТАКЖЕ: в данном случае не имеет значения, является ли ваш монитор «портативным» или внешним, поэтому ваш вопрос является дубликатом: notify-osd и двух мониторов, как указано в user59621.