Для справки я обнаружил, что mimeopen помогает установить через командную строку.
Чтобы установить тип файла для открытия с определенной программой, используйте mimeopen следующим образом.
mimeopen .<file-extension>
По запросу выберите программу, если она присутствует в меню. Поскольку mplayer не был доступен, я выбрал # 2.
Please choose a default application for files of type video/x-matroska
1) Movie Player (totem)
2) Other...
use application #2
use command: mplayer
Opening ".avi" with mplayer (video/x-matroska)
MPlayer svn r34540 (Ubuntu), built with gcc-4.6 (C) 2000-2012 MPlayer Team
mplayer: could not connect to socket
mplayer: No such file or directory
Failed to open LIRC support. You will not be able to use your remote control.
Playing .avi.
File not found: '.avi'
Failed to open .avi.
Exiting... (End of file)
Теперь, если я открываю любые файлы .avi через графический интерфейс, он открывается по умолчанию с помощью mplayer.