В диспетчере обновлений нажмите кнопку настроек в правом нижнем углу. На Updatesвкладке полученного окна есть несколько параметров, которые управляют поведением менеджера обновлений.
Что вас раздражает, так это то, что When there are security updates:настройка установлена на Display Immediately. Если вы хотите, чтобы защита этих обновлений безопасности не беспокоила, рассмотрите возможность установки этого параметра Download and install automaticallyвместо этого.
С этим изменением диспетчер обновлений будет появляться не чаще одного раза в неделю для обновлений, не связанных с безопасностью. Вы можете переключить это на две недели, изменив When there are other updates:на Display every two weeks.
На этой вкладке также есть возможность полностью отключить проверку обновлений, но я бы рекомендовал не выбирать ее, поскольку это может сделать вашу систему уязвимой для проблем, которые можно предотвратить.