Этот вопрос больше не относится к текущим версиям Ubuntu.
См. Проблема с пакетами .deb в Ubuntu 16.04 для аналогичной проблемы, затрагивающей 16.04.
Я использую Ubuntu 11.10 и у меня есть некоторые проблемы с программным центром Ubuntu и установкой пакетов debian.
Например, если я загружаю Debian с https://www.virtualbox.org/wiki/Linux_Downloads и пытаюсь установить его с помощью программного центра Ubuntu, у меня открывается окно, но я вижу только GTK Spinner.
Проблема существует также с пакетом моих приложений http://www.giuspen.com/cherrytree/ и http://www.giuspen.com/x-tile/, который я создаю с помощью dpkg-buildpackage,
Эти же пакеты открываются и устанавливаются правильно с помощью gdebi.