Если вы переходите в режим гибернации Windows (или в целях экономии энергии), затем используете ubuntu для хранения файлов в разделе NTFS, а затем загружаете Windows, Windows считает, что диск был поврежден во время режима гибернации, и «исправляет» что-то другое. После этого вход в Ubuntu только подтверждает, что файлы были фактически удалены.
Также я видел, что Windows 7 может делать chkdsk после установки обновлений на shudown, когда вы возвращаете его обратно. Windows выполняет дополнительные задачи, связанные с установкой обновлений, поэтому будьте осторожны, чтобы не загружаться в Ubuntu после завершения работы с обновлениями. http://www.linuxquestions.org/questions/linux-newbie-8/windows-chkdsk-deletes-files-written-by-ubuntu-on-an-ntfs-partition-913606/
Да, даже на общем разделе, отделенном от раздела Windows, и позаботьтесь даже о толстых разделах (USB-дисках).
Источники, /superuser/211079/what-do-i-have-to-take-care-of-when-hibernating-both-ubuntu-and-windows-dual-bo/211175#211175 , /superuser/39532/hibernating-and-booting-into-another-os-will-my-filesystems-be-corrupted
Изменить: я просматривал сайт вдов, чтобы попытаться выяснить, подробно ли они описывают процесс гибернации, но это звучит интересно http://msdn.microsoft.com/en-us/library/dd143253(v=winembedded.5).aspx , В лучшем случае кажется, что кэширование записи с жесткого диска сохраняется в памяти, а затем записывается после восстановления диска, это может означать, что файлы не могут быть восстановлены, потому что это не «удаление», как при удалении первого буква файла, поэтому система не видит его, но на самом деле перезаписывает большие области данных, которые были кэшированы. Необходимо изучить больше.