Честно говоря, я не знаю, где находится настройка Firefox / Preferred Application. Тем не менее, x-www-browser управляется системой «альтернатив» в dpkg. Вы можете изменить его в интерактивном режиме, набрав это в командной строке:
sudo update-alternatives --config x-www-browser
Таким образом, не полный ответ, но может позволить вам исправить ситуацию и двигаться дальше :)
Обновление На
этой странице описано, где Gnome хранит настройки предпочитаемых приложений. Эта страница относится к Linux Mint, но должны применяться те же принципы: http://www.libre-software.net/change-the-default-application-linux-mint-ubuntu
Так что да, они разные.