Phoronix провел набор тестов и несколько статей о производительности eCryptfs при шифровании домашних каталогов:
Мой вывод из этих статей заключается в том, что шифрование (как и ожидалось) в соответствии с тестами в определенной степени влияет на производительность чтения и записи. На небольших процессорах (процессорах Atom) и на быстрых жестких дисках (SSD) это, пожалуй, более заметно. Тем не менее, используя eCryptfs, вы платите только это снижение производительности при чтении / записи данных в свой домашний каталог (а не в остальную часть системы, как это было бы при использовании полнодискового шифрования). Более того, при использовании более быстрых процессоров время, затрачиваемое на шифрование / дешифрование, часто соответствует ожиданию ввода-вывода при доступе к данным с диска, что обычно является узким местом.
Что касается вашей конкретной проблемы, если вы слышите много шума «поиска жесткого диска», мне кажется, что ваша система обменивается данными из памяти на диск и обратно и обратно. Если вы решили использовать eCryptfs, то Ubuntu автоматически зашифрует ваше пространство подкачки (что необходимо для защиты ваших зашифрованных данных). Однако зашифрованный своп тоже очень дорогой.
Лично я перегружаю свои системы большим количеством оперативной памяти (8 ГБ на большинстве моих систем) и полностью отключаю обмен.