Обычно происходит то, что изначально существует станция с именем X (которая может или не может быть названа в честь города, в котором она расположена). В какой-то момент принято решение, что в этом районе нужна новая станция, и что новая станция будет просто называться «Shin-X», что следует понимать как означающее «новый X».
Иногда причина, по которой новая станция необходима, заключается в том, что планируется новая линия Синкансэн в район, и определяется, что существующая станция не подходит для ее размещения. Вот что произошло, например, в Син-Осака: в районе станции Осака не было достаточно места для необходимых мероприятий.
Однако может быть много других причин, по которым нужна новая станция. В случае Шин-Саппоро, это должно было служить новой городской застройке (которая также называлась Шин-Саппоро). Интересным является Син-Рифу (в городе Рифу, недалеко от Сендая), который был основан, когда Тохоку Синкансэн начал свою работу, не потому, что Синкансэн действительно идет на эту станцию, а для размещения работников и посетителей соседнего железнодорожного вокзала Синкансэн. На японской странице Википедии о станции обычно есть раздел «История», в котором приводится некоторая справочная информация о ее создании.
И иногда Шин является лишь частью «фактического» названия станции, как со станцией Синтоку (в городе Синтоку, Хоккайдо).