Ваш вопрос немного сбивает с толку. Вы спрашиваете о том, чтобы остаться в Токио, но в Токио нет гостиниц с горячими источниками («ryokan», как уже отмечали другие). В Токио лучшим выбором для подлинного японского отдыха, вероятно, станет один из гестхаусов.
Однако, вы можете найти ryokan в Киото, хотя этот город не особенно известен своими горячими источниками.
Если вы хотите хороший рёкан возле Токио, я бы порекомендовал курортный город Хаконэ около горы. Fuji. Здесь есть много ryokan разных ценовых уровней, многие со своими собственными ваннами с горячими источниками. Это немного туристично, но ориентировано на японцев, а не на иностранцев.
Мне также нравится Никко, который расположен в горах на другой стороне Токио и имеет несколько известных храмов.
И если вы любитель приключений, я бы рекомендовал Кусацу (префектура Гунма, НЕ ШИГА), небольшой курортный городок в горах. Там есть несколько «знаменитых» общественных ванн с горячими источниками («онсэн»), и это одно из лучших воспоминаний о Японии, проведенных там в течение года. Это не так просто, как другие. Некоторые японские друзья взяли нас туда; все, что я помню, мы сели на скоростной поезд с токийской станции Уэно, а затем на местный автобус на несколько миль после этого. Но это определенно стоит хлопот, если у вас есть время.
Наконец, я бы порекомендовал воспользоваться услугами одного из многочисленных туристических агентств, расположенных по всему Токио. Я не знаю, знаете ли вы это, но туризм - БОЛЬШОЙ бизнес в Японии, и повсюду есть туристические агентства, обычно на вокзалах. Они предлагают пакеты услуг со скидкой для мест по всей Японии (и во всем мире) с отличным сервисом (обслуживание также является важной сделкой в Стране Восходящего Солнца). Я полагаю, что агентства на одной из главных станций метро (например, на станциях Сибуя, Синдзюку или Токио) будут говорить по-английски, и они могут бронировать билеты, бронировать билеты на поезд и все остальное, что вам нужно.
Надеюсь, что это помогает, извините, что так скучен, но Япония - одно из моих любимых мест ... :-)